中華國際自然醫學學會於民國94年由部分南華大學自然醫學研究所師生共同發起創立,創會之籌備會主任委員為當時研究所所長莊輝教授,並由黃川原醫師擔任第一屆理事長,致力於國內外自然醫學之發展,而黃醫師本身經過多年之經驗及研究,也由以西方醫學療病方式轉為自然醫學療法,反而利益了更多的病人,並治癒了許多西方醫學難以解決的病症,而自然醫學所學員參與學會之第一屆會員亦表現傑出,並有多位將所學貢獻於社會。
民國98年由林群智教授接承第二屆理事長職務後,鑑於學會會員人數不多,於會務之推展須仰賴有心之士投入,此外,學會之運作需要明確之目標,而幹部的職掌也需要明確劃分,遂邀請熱心之會員擔任幹部後著手建制學會之組織分組,並詳定幹部職掌以及會議及執行之標準流程,以確保每次幹部會議之執行率。為使學會與社會接軌,擴展學會聲望,規劃並著手第一次學術性之研討會,同時設計會員證以及製作會旗,最重要的是將學會之英文名稱由International Natural Healing Sciences Society, R.O.C.正名為International
Academy of Natural Medicine, R.O.C.,以強調學會之學術性質。
為提供會員們學習與成長的平台,林理事長籌辦多次教育訓練與演講,並舉辦會員聯誼知性活動,提供會員們交流平台與聯誼之機會,亦為本會常年活動建立基礎模式。此外,林理事長於任內推動學會開設推廣課程,吸引更多人重視自然醫學,提高本會在社會上之曝光率,並前瞻地創設「自然醫學」雜誌,此雜誌為審稿制期刊,為本會之學術地位奠定重要之基礎。再者,林理事長亦著手建立本會之網頁,使本會之章程、課程、活動得以呈現於世人,對於本會之發展有重要貢獻。
民國101年由林明德先生接承第三屆理事長職務,積極推動學會開設推廣課程,導入TTQS訓練品質管理程序,期盼能發揮效益;民國106年由許偉庭先生接承第五屆理事長職務:一、經營管理觀念扭轉。二、經營策略性思考。三、人才導向的整體參與管理。四、效能與效率整合的經營。五、科學化與系統化的訓練機制。六、可系統衡量的訓練績效。七、持續改善的行動化。